Toutes les activités de recherches du CIRDES s’articulent autour de trois (3) programmes ou axes thématiques  suivants:

1. Contrôle stratégique des maladies à transmission vectorielle : Diagnostic, Epidémiologie, Biologie des vecteurs et des pathogènes, lutte anti vectorielle;

2. Biodiversité et Amélioration génétique : Caractérisation génétique des animaux, des vecteurs et des pathogènes, études des menismes génétiques de base des résistances aux maladies, Conservation et préservation des ressources zoo-génétiques;

3. Gestion durable intégrée des ressources agro-sylvo-pastorales : études et amélioration des systèmes de production par l’intégration agriculture-élevage, par l’intensification écologique et par la résilience aux changements globaux (économique, climatique, institutionnel), Amélioration de l’alimentation, Agriculture urbaine et périurbaine, Physiologie de la reproduction, gestion des ressources génétiques animales et végétales (cultures fourragères).