L’organisation scientifique du CIRDES est placée sous la Direction scientifique dirigée par un Directeur scientifique. Les activités de recherche du CIRDES sont regroupées dans trois programmes de recherche au sein de deux (2) unités. Les trois programmes sont :
Programme 1 « Contrôle stratégique des maladies hémoparasitaires à transmission vectorielle » au sein de l’Unité de recherche « Maladies à Vecteurs et Biodiversité » (UMaVeB): Epidémiologie et Diagnostic des trypanosomoses africaines (Trypanosomose Animale et Trypanosomiase Humaine Africaines, TAA & THA) et des Maladies Transmises par les Tiques (MTT) dans une approche « une santé »; Chimiorésistance aux molécules médicamenteuses usuelles; Biologie et Ecologie des vecteurs des maladies précitées; Lutte stratégique contre les maladies précitées;
Programme 2 « Biodiversité et Amélioration génétique » est un programme transversal des deux (2) unités: Caractérisation génétique des ressources génétiques animales et des ressources génétiques aquacoles; Etudes des mécanismes génétiques de résistance des animaux et des hommes aux maladies; Conservation et préservation des races animales domestiques;
Programme 3 « Gestion intégrée durable des Ressources Agro-Sylvo-Pastorales » au sein de l’Unité de recherche Systèmes de production agro-pastoraux et environnement (USPAE): typologies des exploitations agricoles; Intensification écologique; Amélioration des systèmes de production d’intégration agriculture-élevage; Amélioration de l’alimentation animale; Amélioration des systèmes d’élevage.
C’est pour mieux refléter les activités du CIRDES liées aux nouveaux enjeux régionaux et mondiaux que les noms des deux Unités d recherche ont été modifiés dans le nouveau pan stratégique du Centre adopté lors du Conseil d’Administration tenu le 19 juillet 2017 à Ouagadougou. Ainsi, la nouvelle dénomination de l’URBIO est l’unité « Maladies à vecteurs et Biodiversité (UMaVeB) » et celle de l’URPAN, l’unité « Systèmes de production agro-pastoraux et environnement (USPAE) ».